Poco se conoce sobre el origen e historia de la Institución Educativa José María Villa Sede la Aguada, ya que esta información no se encuentra disponible en los archivos de la sede. Sólo se sabe que inicio sus clases con tres grados de primaria en el año 1975, en el sitio donde funciona actualmente. En una época, la sede contó con tres educadoras debido a la cantidad de estudiantes.

La preocupación de los padres de familia por la calidad de educación y de que sus hijos salieran adelante fue lo que los motivo a iniciar con la escuela en la vereda. El ánimo y la colaboración han sido el precedente en esta comunidad para continuar con la labor educativa.